药学院张从刚课题组在Immunity发文报道新型cGAMP降解酶和新型cGAS-STING通路小分子抑制剂

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药学院刘翔宇及其合作者发文揭示人源前列腺素F2α（PGF2α）受体对配体及G蛋白选择性的分子机制

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医学院李海涛课题组合作揭示SPINDOC 衰减Spindlin1转录共激活作用的分子机制

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生命学院刘俊杰课题组开发基于RNA核酶的新型基因编辑工具

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生命学院王宏伟课题组与北京大学彭海琳课题组合作开发石墨烯“三明治”技术用以制备冷冻电镜样品

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生命学院颉伟课题组揭示谱系因子在全能性胚胎中的双向激活功能

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生命学院邓海腾实验室发现4,4′-二甲氧基查耳酮通过激活铁自噬选择性地清除衰老细胞

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生命学院陈柱成课题组阐明染色质重塑复合物滑动核小体关闭启动子的机理

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生命学院李赛课题组利用cryo-ET解析新冠病毒Delta变异株的原位结构和膜融合机制

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生命学院李雪明课题组与友谊医院尤红课题组合作开发一种冷冻电子断层成像生物组织样品制备技术

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清华大学隋森芳、王宏伟和章新政合作报道首个藻胆体-光系统II-光系统I-捕光复合物超大复合体的细胞原位3.3 Å三维结构

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生命学院李赛课题组利用cryo-ET解析新冠病毒Delta变异株的原位结构和膜融合机制

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生命学院王一国课题组发现禁食代谢稳态维持的新激素Famsin

2023年2月17日，清华大学生命科学学院王一国课题组在Cell Research在线发表了题为“新肠道激素Famsin通过受体OLFR796促进机体对于禁食的代谢适应”(Famsin, a novel gut-secreted hormone, contributes to metabolic adaptations to fasting via binding to its receptor OLFR796)的研究论文，首次发现并命名了一种肠道激素Famsin，证明了饥饿时小肠通过Famsin介导的器官-器官间通信发挥关键作用。

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陈春来、陈知行课题组合作开发染料抗光漂白巯基标记新策略

2023年2月9日，清华大学生命科学学院、北京市结构生物学高精尖创新中心和北京生物结构前沿研究中心陈春来课题组与北京大学未来技术学院、北大-清华生命科学联合中心陈知行研究员课题组在J. Am. Chem. Soc.杂志上联合发表题为“提高花青类荧光团光稳定性的靶向巯基的通用标记策略”“General strategy to improve the photon budget of thiol-conjugated cyanine dyes”的文章。

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杨雪瑞课题组基于翻译组大数据分析发现RocA-eIF4A调控翻译延伸动态的新功能

使用这一策略，杨雪瑞课题组首次揭示化合物RocA通过翻译起始因子eIF4A调控翻译延伸过程的新功能。这一成果于2023年2月2日发表于Nature Communications，文章题目：核糖体分析大数据集的重新分析揭示RocA通过eIF4A蛋白对翻译延伸动态的干扰作用（Reanalysis of ribosome profiling datasets reveals a function of rocaglamide A in perturbing the dynamics of translation elongation via eIF4A）。

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生命学院刘俊杰课题组开发新型Casπ基因编辑系统，并揭示其DNA识别切割机制

2023年1月17日，刘俊杰课题组在《细胞研究》（Cell Research）杂志在线发表了题为“紧凑的Casπ (Cas12l)“手环”为DNA操作提供了一个独特的结构平台”(The compact Casπ (Cas12l) ‘bracelet’ provides a unique structural platform for DNA manipulation)的研究论文。

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生命学院方显杨课题组揭示THF-II核糖开关识别配体和调控基因翻译的结构机制

2023年1月9日，清华大学生命学院方显杨课题组在Nucleic Acids Research (核酸研究) 杂志在线发表了题为 “II型四氢叶酸核糖开关调控基因翻译的结构基础” (Structural insights into translation regulation by the THF-II riboswitch) 的研究论文，报道了第二类可特异性结合THF及其类似物的天然核糖开关THF-II的三维结构，揭示了其识别配体和调控基因翻译的结构机制。

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生命学院周帆课题组解析胚胎前后轴发生的新模式

2023年1月9日，清华大学生命科学学院周帆课题组在《发育细胞》 （Developmental Cell）杂志在线发表了题为“跨物种解析哺乳动物前后轴发生” （Decoding anterior-posterior axis emergence among mouse, monkey, and human embryos）的研究论文。

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生命学院郗乔然课题组与吝易课题组合作揭示PML核体招募TRIM33在小鼠胚胎干细胞中调控基因转录的新机制

2022年12月16日，清华大学郗乔然课题组及吝易课题组在《欧洲分子生物学组织期刊》（The EMBO Journal）杂志在线发表题为“细胞环境依赖的PML核体在小鼠胚胎干细胞中特异招募TRIM33调控基因转录”（Recruitment of TRIM33 to cell-context specific PML nuclear bodies regulates Nodal signaling in mESCs）的研究论文。

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生命学院孟安明课题组报道核孔复合体综合成熟度调控合子基因组激活的新机理

2022年12月8日，清华大学生命科学学院/膜生物学国家重点实验室/清华-北大生命科学联合中心孟安明课题组在《细胞》（Cell）杂志在线发表题为“核孔复合体综合成熟度调控合子基因组激活”（Comprehensive maturity of nuclear pore complexes regulates zygotic genome activation）的研究长文。

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生命学院陈柱成与合作者揭示NuA4选择性乙酰化组蛋白H4的机理

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生命学院柴继杰与合作者首次揭示植物免疫受体蛋白的双功能抗病机制

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生命学院杨雪瑞课题组系统解析RBP-RNA编辑的结合偏好性与功能关联

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生命学院王宏伟课题组与复旦大学合作在《自然》发文报道果蝇Dicer2依赖ATP剪切双链RNA结构机制

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生命学院柴继杰课题组与合作者在《科学》杂志背靠背发表研究长文发现植物新型抗病信使并揭示其作用机制

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生命学院隋森芳教授课题组发文报道Tom20和Tom22的胞质结构域作为线粒体TOM复合体受体的结构基础

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生命学院江鹏课题组发现延胡索酸调控B细胞的机制和功能

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生命学院颉伟与中科院动物所李磊合作揭示哺乳动物卵子以及早期胚胎翻译组

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生命学院欧光朔和李雪明课题组合作发现新型生物结构“纳米毛”

生物大分子在动物体内原位结构的研究是生物结构领域的前沿，其技术管线包括：高压冷冻动物样品（High-pressure freezing）、冷冻聚焦离子束扫描电镜（Cryo-FIB-SEM）对动物样品进行低温离子切削获得厚度小于200纳米的冷冻薄片、300KV冷冻透射电镜(TEM)对薄片进行电子断层成像（Cryo-ET）的数据收集。

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生命学院杨雪瑞课题组开发深度学习工具DeepLinc，使用单细胞空间转录组数据构建细胞互作网络

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X射线晶体学平台助力复宏汉霖抗体药物上市

2021年12月31日，国家蛋白质科学研究（北京）设施清华基地、清华大学结构生物学高精尖创新中心——x射线晶体学平台和上海复宏汉霖生物技术有限公司合作在《PLOS ONE》杂志上在线发表了题为“Structural basis of HLX10 PD-1 receptor recognition, a promising anti-PD-1 antibody clinical candidate for cancer immunotherapy” 研究论文，文中描述了一种全新的全人源抗PD-1 IgG 4单抗HLX10在体内有明显疗效。

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生命学院陈柱成课题组解析人源PBAF染色质重塑复合物结合核小体的结构

2022年4月27日，清华大学生命科学学院/结构生物学高精尖创新中心/清华-北大生命科学联合中心陈柱成教授研究团队在《自然》杂志在线发表题为“人源PBAF染色质重塑复合物结合核小体的结构”（Structure of human PBAF chromatin remodeling complex bound to a nucleosome）的研究论文。

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生命学院薛毅课题组在理性设计RNA瞬态结构上取得进展

2022年3月21日,清华大学生命科学学院薛毅课题组在《自然∙通讯》（Nature Communications）杂志在线发表题为《RNA瞬态结构的理性设计及其多步切换机制》（Rational Design of Hairpin RNA Excited States Reveals Multi-step Transitions）的研究论文，该研究为RNA的理性设计提供了新的思路和手段。此外，对RNA瞬态结构的动力学和热力学测量也有助于将来改进RNA二级结构预测方法和改善其分子动力学模拟的力场参数。

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杨茂君教授团队揭示人源线粒体内成链状丝氨酸蛋白酶LACTB成链结构与其催化活性关系

2022年3月5日，清华大学生命科学学院、结构生物学高精尖创新中心杨茂君教授研究团队在《Structure》杂志发表题为Structural basis for the catalytic activity of filamentous human Serine beta-lactamase-like protein LACTB的研究论文。该研究首次报道了人源线粒体内形成类似DNA双螺旋结构的链状丝氨酸蛋白酶LACTB野生型、截短体及抑制剂结合状态的高分辨率结构（对应为3.0埃，3.1埃以及2.8埃分辨率），并通过进一步的结构分析及相应的酶活实验，深入探究了其LACTB蛋白各区域序列及其多聚体聚合形式与其酶催化活性之间的关系。

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刘俊杰课题组与Jennifer Doudna课题组合作开发小型、高效基因编辑工具

2022年2月25日，刘俊杰课题组与加州大学Jennifer Doudna课题组合作在《分子细胞》（Molecular Cell）杂志在线发表题为“嵌合的 CRISPR-CasX 酶和新型引导 RNA 可增强基因编辑活性”（Chimeric CRISPR-CasX enzymes and guide RNAs for improved genome editing activity）的研究论文。

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清华大学生命科学学院隋森芳教授课题组发文报道酵母TRAPPII复合体特异激活GTP酶Ypt31/32的结构基础

2022年1月26日，清华大学生命科学学院隋森芳教授课题组在Science Advances 上发表了题为“TRAPPII复合物的组装和特异激活GTP酶Ypt31/32的结构基础(Structural basis for assembly of TRAPPII complex and specific activation of GTPase Ypt31/32)” 的研究论文。通过结构生物学、酵母遗传学以及生物化学等手段揭示了TRAPPII复合体的组装方式和作用机制。

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生命学院王新泉与医学院张林琦、微软亚洲研究院王童合作揭示刺突蛋白N370位点糖基化缺失在新冠病毒进化过程中的重要意义

新型冠状病毒（SARS-CoV-2）引发的疫情延续至今，目前我们对其跨物种传播途径与进化分子机制仍知之甚少。冠状病毒表面的刺突糖蛋白（spike）在病毒入侵宿主细胞过程中负责受体识别和介导膜融合，并且刺突蛋白的氨基酸序列与结构的分子进化影响其对不同物种受体的识别，因而刺突蛋白的分子进化是冠状病毒实现跨物种传播的一个关键因素。

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生命学院颉伟与北京农学院郭勇、中科院动物所李伟课题组合作发文揭示哺乳动物早期胚胎发育表观遗传的进化调控规律

在生命起始的时候，高度特化的精子和卵子结合形成全能性的受精卵。在这一过程中，表观遗传信息发生了广泛而剧烈的重编程。同时，一些表观遗传信息如基因印记会被选择性的保留下来。由于哺乳动物配子和早期胚胎材料的稀缺，关于表观遗传信息在配子向胚胎转变（parental-to-embryonic transition）过程中是如何遗传和重编程的研究长期进展缓慢。近年来，由于一些高灵敏微量细胞染色质分析技术的出现，研究人员得以在分子水平研究表观遗传信息在生命起始过程中是如何擦除、重建和遗传的。这些研究大部分是在模式动物尤其是小鼠中展开的。但是，在不同物种中，表观遗传信息的传递是否保守，以及不同物种中是否存在普适的表观遗传调控规律调控胚胎发育并不清楚。

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生命学院张强锋实验室开发RNA结构测序数据缺失信号恢复的人工智能方法

2021年11月16日，清华大学张强锋课题组在Nature Machine Intelligence杂志上发表了题为 “一种恢复从探测实验得到的全转录组RNA结构图谱中缺失信号的深度学习方法”（A deep learning method for recovering missing signals in transcriptome-wide RNA structure profiles from probing experiments）的研究文章。该工作受自动驾驶领域中稀疏雷达信号恢复算法的启发，将RNA序列与其对应的RNA结构信号相结合，并通过屏蔽部分已知RNA结构信号来进行自监督式训练，建立了一种恢复实验缺失的RNA结构信号的新方法--StructureImpute.

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清华大学与中国医学科学院研究者合作解析病毒RNA与宿主蛋白质互作网络

2021年11月4日，Cell Research杂志发表了题为“基于多病毒RNA-宿主蛋白质互作组比较分析指导抗新冠肺炎的快速新药发现 (Comparison of viral RNA–host protein interactomes across pathogenic RNA viruses informs rapid antiviral drug discovery for SARS-CoV-2)”的研究文章，该研究采用高通量的ChIRP-MS技术，系统解析了不同RNA病毒，包括新冠病毒（SARS-CoV-2）、寨卡病毒（ZIKV）以及埃博拉病毒（EBOV）在侵染状态下病毒基因组RNA与宿主蛋白的互作网络。值得注意的是，不同于其他类似研究，该研究除了采用非感染的细胞作为对照，还引入了一类新型的实验对照–“segment transfection”。顾名思义，“segments transfection”是指将完整的基因组RNA片段化，并转染进细胞内；虽然这些RNA片段与病毒基因组的序列一致，但并不具备完整的基因组结构，也不能正常复制，可排除与病毒RNA非特异性结合的蛋白质，从而更为精确地鉴定可能直接参与病毒复制过程的宿主蛋白。

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生命学院李蓬实验室揭示凝胶样二维相分离介导脂滴相互作用、脂滴融合以及脂稳态调控

2021年9月10日，清华大学李蓬团队在Developmental Cell杂志上在线发表了题为“Cidec通过凝胶样相分离产生脂质可透过盘状结构促进脂滴融合”（A gel-like condensation of Cidec generates lipid-permeable plates for lipid droplet fusion）的研究论文，作者通过生物化学、细胞生物学、超分辨影像系统以及生物物理学建模手段，发现调节脂滴融合的重要蛋白Cidec可通过凝胶样的特殊相分离方式富集于LDCS，组装并形成高度可塑的、可允许脂质在脂滴间交换和转移的脂滴融合盘结构，从而促进中性脂从小脂滴向大脂滴转移，最终实现脂滴融合生长以及高效的脂质储存。该研究首先提出并证明了相分离在细胞器互作和脂稳态调控中的作用。

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生命学院隋森芳、李雪明课题组合作发文 报道红藻藻胆体-光系统II复合体的原位冷冻断层三维结构

海洋藻类为适应海底微弱的光环境进化出不同于高等植物的捕光系统。藻胆体(phycobilisome, PBS)则是蓝藻和红藻位于类囊体膜上的色素-蛋白超分子捕光复合体, 具有高效捕获传递光能的作用。藻胆体捕获的光能进一步传递给镶嵌于类囊体膜内的光系统II（photosystem II, PSII）,在这个重要场所进行电荷分离，利用光能分解水产生电子、质子和氧气。虽然已有藻胆体和光系统II各自的高分辨率结构发表，但是两者形成的复合物的结构一直没有得到很好的解析，这也限制了人们对光能从PBS传递到PSII的机制的认识。清华大学生命科学学院隋森芳教授和李雪明副教授课题组合作，通过冷冻聚焦离子束减薄技术（cryo-FIB milling）联合冷冻断层三维重构技术（cryo-ET），首次解析得到天然状态下的红藻Porphyridium purpureum细胞内的藻胆体-光系统II复合体结构，为揭示藻胆体与光系统II之间能量传递机制奠定了结构生物学基础。

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生命学院José C. Pastor-Pareja课题组报道果蝇内质网-高尔基体结构组成

蛋白质分泌对于真核生物的形态发生和生理过程至关重要。在早期的分泌途径中，蛋白质货物先在内质网出口处被收集，经一系列高度保守的膜出芽及融合相关蛋白的共同作用转运至高尔基体。内质网-高尔基体转运过程受精密的调控，多年来的研究已经让我们从遗传和生化的角度较详尽地了解了内质网-高尔基体物质交换途径及背后的分子机制。然而，胶原等巨型货物的早期分泌机制仍不清晰，内质网-高尔基体的结构组成以及介导货物运输的膜载体类型等问题仍有待解决。

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生命学院杨雪瑞课题组发现广泛存在的异链嵌合RNA：cscRNA

转录组的复杂性是高等生物的标志性特征，是蛋白质组多样性的主要来源，同时也极大扩充了非编码RNA的种类与功能。除经典的RNA可变剪接之外，不同基因间的分子融合产生嵌合RNA（chimeric RNA），也是转录组复杂性的重要来源。DNA水平的基因重组与RNA水平的非经典剪接事件，包括顺、反式剪接（cis-, trans-splicing）以及相邻基因的转录 “顺读”（transcription read-through），均导致嵌合RNA的产生。

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生命学院隋森芳院士课题组发文报道人源NPC1L1介导细胞胆固醇吸收的分子机制

心血管疾病是目前全球发病率和死亡率最高的疾病之一，血液中的胆固醇（Cholesterol）水平升高是导致动脉粥样硬化和冠心病等心血管疾病的主要因素。研究表明食物中的胆固醇主要是通过位于小肠绒毛上皮细胞中的Niemann-Pick C1-like 1（NPC1L1）蛋白来转运进细胞的，NPC1L1也是降脂药物依则替米贝（Ezetimibe）的作用靶点。然而一直以来人们对于NPC1L1介导的胆固醇吸收机制和EZE对于NPC1L1的抑制机制仍不是很清楚，这也限制了进一步的降脂药物的优化与设计。

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方显杨课题组揭示葡萄球菌Bap蛋白经由相变形成功能性淀粉样纤维及介导生物被膜形成的调控机制

近年来，由多重耐药性金黄色葡萄球菌引起的院内感染已对全人类的健康构成极大威胁。全球每年有近100万人死于无法用传统抗生素治疗的细菌感染，其中，耐甲氧西林金黄色葡萄球菌造成的死亡病例远超过由艾滋病和肺结核引起的死亡病例总和。金黄色葡萄球菌的耐药性往往与其能形成生物被膜密切相关。人们很早就在奶牛源金黄色葡萄球菌中发现一种被称作生物被膜相关蛋白（Biofilm associated proteins）的细胞表面蛋白Bap，Bap在介导葡萄球菌生物被膜的形成中发挥重要作用。Bap是一个多结构域蛋白，全长蛋白含有2276个氨基酸。最近的研究表明，Bap蛋白的N末端在低pH和低钙下易于聚集形成功能性淀粉样纤维，并且促进细菌聚集和生物被膜的形成。然而，Bap蛋白响应环境变化调控淀粉样纤维的形成以及介导生物被膜形成的机制并不清楚。

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生命科学学院陈柱成课题组阐释染色质重塑蛋白ALC1自抑制以及被核小体调控的机理

近日清华大学生命科学学院陈柱成教授课题组解析了ALC1（amplification in liver cancer1，又名CHD1L：chromodomain helicase/ATPase DNA binding protein 1-like）自抑制状态下的晶体结构，以及ALC1-核小体复合物的冷冻电镜结构，结合相应的生化实验，揭示了ALC1是如何自抑制以及如何被核小体调控的机理。

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清华大学生命学院柴继杰课题组与合作者在《自然》发文首次揭示动物先天免疫受体NLRP1抑制的分子机制

生物在与病原微生物长期竞争中进化出了复杂完善的免疫系统，其功能可进一步分为先天性免疫和适应性免疫两部分。先天性免疫系统是宿主防御感染机制中一种普遍而古老的形式，它对于病原体的感知主要是通过一系列胚系基因编码的模式识别受体来实现。其中NOD样受体（NLR）家族是模式识别受体中数量最大、功能最复杂的一类,其通过不同成员来感应多样的病原信号,进而形成炎症小体来活化机体免疫防御反应。同时机体也通过精细的网络来调控各种NLR的时空表达、免疫反应的强弱来维持机体的内稳态，NLR的突变或失调经常导致各种免疫性相关疾病。

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生命学院姚骏课题组发现突触囊泡停泊初始态发生的过程及其分子机制

神经元之间的信号传递是大脑最基础的生理活动，当动作电位到达突触时，突触小泡在毫秒级的时间内释放神经递质，从而使动作电位快速跨突触传递，这一过程受到特定蛋白质机器的精密调控。

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生命学院薛毅课题组在化学位移预测与RNA瞬态二级结构的研究中取得进展

化学位移是核磁共振（NMR）中最重要的物理观测量。它的数据获取相当方便，测量的精确度和可重复性都很高，而且对于生物大分子的结构变化非常敏感，因此成为获取大分子的结构和动态信息的重要数据来源。几十年来，如何准确预测化学位移一直是NMR研究中的一个基础并且关键的问题。一个准确的化学位移预测工具不仅能够简化繁杂的谱峰指认工作，更重要的是，它在生物大分子的结构解析和基于实验数据的结构建模方面有巨大的应用价值。

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