2023年1月10日，国家蛋白质科学中心(北京)第四届学术年会在生物物理研究所隆重召开，本届会议主题为“蛋白质科学新发展”，会议同时在医大时代平台线上直播。中国科学院副院长张亚平院士，国家蛋白质科学中心(北京)理事长兼主任贺福初院士，生物物理研究所、清华大学医学院教授饶子和院士，清华大学生命科学学院教授、凤凰中心科技委员会主任王志新院士，生物物理研究所许瑞明所长，军事医学研究院生命组学研究所张令强所长，清华大学生命科学学院王新泉副院长以及北京大学生命科学学院伊成器教授等领导专家参加了会议。会议特别邀请了Benjamin Cravatt(美国国家科学院院士)、饶子和院士、李明院士、樊嘉院士、张宏研究员、柴继杰研究员、伊成器教授、颉伟研究员、葛亮研究员、陈良怡研究员做了学术报告。用户委专家代表，国家蛋白质科学中心(北京)用户委员会主任、中科院上海药物研究所谭敏佳研究员和中科院微生物研究所罗元明研究员以及来自生物物理研究所、军事科学院、清华大学和北京大学的领导、研究人员、技术支撑人员、研究生及相关领域同行百余人线下参加了会议。据直播平台统计，在线参会人数达1.06万人次。会议由中国科学院生物物理研究所副所长、国家蛋白质科学中心(北京)生物物理所分中心主任朱冰研究员主持。

朱冰研究员首先代表会议承办单位欢迎军科院、清华大学、北京大学以及同行学者到生物物理所参加国家蛋白质科学中心(北京)第四届学术年会。凤凰工程通过国家验收以来，已成功举办了三届学术年会，今年是第四届，本届学术年会的主题是“蛋白质科学新发展”，学术年会已成为凤凰中心成员单位交流的重要平台，由于疫情的原因，今年的会议采取线上和线下结合的方式召开。

按照会议日程，参会人员集体观看了《凤凰中心2022年巡礼》视频，回顾了国家蛋白质科学中心(北京)2022年取得的优异成绩。

凤凰中心2022年巡礼纪录片

按照会议日程，凤凰中心科技委主任王志新院士宣读表彰优秀技术平台、技术创新奖、优秀技术人才的奖励通令并现场进行了颁奖。

中国科学院副院长张亚平院士在致辞中指出，在军事医学研究院的牵头领导下，在首席科学家、总工程师的直接组织下，清华大学、北京大学、生物物理所等单位积极参加、共同努力，国家蛋白质科学研究(北京)设施顺利完成了建设任务并于2018年通过了国家验收。凤凰工程验收之后，成员单位密切协作，积极开展大新仪器设备专业技术培训和开放共享对外服务，轮流主办学术年会和季度专题技术研讨会，促进凤凰工程服务研究所科技创新成效显著。凤凰工程验收后已经运行了4年，希望4家共建单位继续团结合作，优势互补，形成强大合力，努力发挥好国家重大科技基础设施的关键支撑和技术引领作用，不忘科技报国初心，牢记科技强国使命，共同为国家生命科学研究事业、生物技术与产业发展、关键技术人才培养而协力奋进，在建设创新型国家和世界科技强国的伟大事业中做出应有的贡献。

生物物理研究所所长许瑞明研究员在致辞中指出，生物物理研究所积极参与凤凰工程的建设，特别是凤凰工程验收之后，生物物理所积极发挥大型仪器设备使用和开放共享的经验，注重技术创新和技术服务以及专业技术人才培养协同发展，密切和其他三家成员单位配合，希望大家常来生物物理所交流指导。

学术报告环节由许瑞明所长主持，大会邀请了国内外11位顶尖科学家围绕“蛋白质科学新发展”作大会报告。

来自The Scripps Research Institute的美国国家科学院院士Benjamin Cravatt教授受邀做“Activity-based proteomics – target and ligand discovery on a global scale”的线上报告。Benjamin Cravatt教授于2022年因“开发基于活性的蛋白质分析，它已成为一种强大且广泛使用的化学蛋白质组学策略，用于表征天然生物系统中的酶功能”而获得沃尔夫化学奖。报告中，Benjamin Cravatt教授分享了使用这种方法标记人体内发挥关键作用的多种酶，以助于了解蛋白质在人类生理和病理过程中所起的作用，从而为各种疾病确定新的治疗靶点和药物。

生物物理所、清华大学医学院教授饶子和院士做了《A story of SARS-CoV-2 RNA capping》的线上报告。详细介绍了技术团队近年来在攻克新冠病毒方面的最新研究进展，特别是在新冠病毒中发现了一种生物界中全新的RNA加帽途径，阐明核苷类抗病毒药物抑制该过程的分子机制，并提出全新的“induce-and-lock”的药物设计机制。这一发现不仅是对新冠病毒乃至其他病毒生命过程理解的重要更新，而且在生物学领域中也是第一次发现这种由蛋白质作为媒介来介导的RNA加帽过程，拓展了生命科学研究中对核酸加工的认识边界，为在人体细胞中发现可能存在的类似现象提供了一个重要的起点。

加拿大皇家科学院院士、滑铁卢大学李明教授作题为“基于质谱仪和人工智能的新抗原发现和鉴定”的现场报告。作为研究Kolmogorov复杂性及其应用的先驱和世界权威专家，李明院士在生物信息学、深度学习、自然语言处理、算法平均复杂度、信息距离等研究领域和方向做出了重大贡献。抗体药需要设计抗体，需要巨大的抗体库，需要高精度蛋白质结构预测。高精度蛋白质结构预测服务器的领先优势将应用于蛋白质抗体设计与T细胞疫苗研发等，提供针对新冠肺炎、肝炎、艾滋病等生物医药制药等的科研支撑服务。

复旦大学附属中山医院樊嘉院士长期致力于肝肿瘤外科临床诊疗、基础研究及教学工作，首创肝癌门静脉癌栓多模式综合治疗技术，使伴门静脉癌栓的晚期肝癌由不可治变为部分可治;对肝癌肝移植进行了系统研究，提出我国肝癌肝移植适应证，系统解析了肝癌转移复发微环境调控分子机制，建立了肝癌早诊及转移复发预测模型，并实现多项临床技术转化。报告中，樊嘉院士分享了研发自身抗体(AAb)肝癌诊断模型、循环肿瘤细胞与肝癌转移复发、肝癌循环肿瘤细胞(CTC)免疫逃逸的分子机制等最新研究成果以及临床应用情况。最后，樊嘉院士表示，肝肿瘤外科临床研究未来应加强原创研究，提倡转化医学，强调综合治疗，注重循证医学。

中国科学院生物物理研究所研究员张宏做了“多细胞生物自噬的分子机制”的报告。自噬是指通过形成双层膜结构的自噬体，包裹部分胞质并运送到溶酶体进行降解及回收的过程，对抵抗各种应激和维持细胞稳态至关重要。自噬异与老年痴呆等神经退行性疾病的发生发展密切相关。依托生物物理研究所凤凰工程分设施蛋白质科学研究平台的技术支撑，张宏研究团队发现自噬诱导条件下引起的内质网表面的钙瞬变是决定自噬体在内质网上形成的关键信号，这一发现促进了对多细胞生物自噬分子机制的理解，对探究自噬异常与相关疾病的发生发展以及开发新的治疗策略有重要意义。

张宏研究员报告

清华大学生命科学学院长聘教授柴继杰做了“Biochemical mechanism of plant NLRs – from resistosomes to second messengers”的报告。植物先天免疫是植物在与病原微生物长期共同进化的过程中逐渐形成的免疫对抗机制，用来抵抗病原微生物的侵害。依托清华大学凤凰工程分设施蛋白质研究技术中心的技术支撑，柴继杰研究团队完成了植物NLR蛋白复合物的组装、结构和功能分析，揭示了NLR作用的关键分子机制，是植物免疫研究的里程碑事件，填补了人们对植物抗病蛋白认知的巨大空白，为研究其它抗病蛋白提供范本。

北京大学生命学院博雅特聘教授伊成器做了“基因编辑器的安全性评价技术”的报告。2020年诺贝尔化学奖授予了Emmanuelle Charpentier和Jennifer A. Doudna，以表彰她们发展了基于CRIPSR-Cas9系统的基因编辑工具。但CRISPR-Cas9系统在进行基因编辑的过程中有可能会脱靶产生DNA双键断裂(double strand break, DSB)，从而造成基因组的不稳定。Broad institute的David R. Liu教授在2016年在CRISPR-Cas9系统的基础上通过融合脱氨酶(rAPOBEC)和尿嘧啶糖基化酶抑制剂(UGI)发展了不会产生DNA双键断裂就可以进行基因组特定位点的C-to-T编辑的胞嘧啶碱基编辑器(cytosine base editor, CBE)。由于CBE系统在编辑过程中不产生DNA双链断裂，所以一般认为CBE系统比CRISPR-Cas9系统拥有更高的安全性。但是，在真正将CBE应用到临床进行遗传疾病治疗前，有必要对其安全性与特异性进行评估。依托北京大学凤凰工程分设施仪器平台的技术支撑，伊成器研究团队开发了名为Detect-seq(dU-detection enabled by C to T transition during sequencing)的CBE脱靶检测技术，对DdCBE碱基编辑工具在人类细胞中的核基因组脱靶编辑影响进行了无偏向性地评估，深入探究了其核基因组脱靶作用机制和工具的优化方案，并首次发现了由细菌毒素 DddA 构成的 DdCBE 碱基编辑工具与维持细胞三维基因组结构的关键因子 CTCF有相互作用。这项研究也是化学与生命科学交叉研究的成果，对于推动基因编辑技术在治疗线粒体疾病方面的应用提供了重要的理论依据。

清华大学生命科学学院教授颉伟做了“Transcription and translation regulation when life begins”的报告。颉伟教授主要从事人类与其它动物胚胎发育早期的基因表达调控与表观遗传重编程机制研究。报告中，颉伟教授讲述了在人类、小鼠和斑马鱼早期胚胎发育中对亲本表观遗传记忆重置和胚胎基因表达启动机制的多项研究结果。颉伟教授团队自主研发了多项微量细胞组学检测技术，使解析胚胎发育早期合子基因组激活(zygotic genome activation，ZGA)的分子机制成为可能，并介绍了研究团队在人类和小鼠胚胎中对翻译组和转录组图谱的联合分析结果。

清华大学生命科学学院研究员葛亮做了“TMEDs and Unconventional Secretion”的报告。蛋白质的分泌是细胞间信息传递的重要方式。分泌蛋白通常具有N端信号肽序列以指导新生多肽链进入内质网(endoplasmic reticulum，ER)被加工、修饰，之后被运输到高尔基体(Golgi apparatus)经过进一步的加工，最终抵达细胞质膜并被释放到细胞外，这一过程被称为经典分泌途径。近年来的研究发现，许多分泌蛋白不具有典型的信号肽序列，其分泌不依赖于ER-Golgi途径，这类分泌途径被称为非经典分泌(unconventional protein secretion, UPS)途径。直接跨质膜转位(I型)与细胞内囊泡结构介导的分泌(III型)是最主要的两种UPS途径。III型UPS中，蛋白首先进入一个囊泡载体(例如autophagosome, endosome等)，然后通过膜泡运输系统被运送到细胞外。由于这类蛋白缺少信号肽，一个需要解决的关键问题就是这类UPS蛋白是如何进入囊泡载体中的。依托清华大学凤凰工程分设施蛋白质研究技术中心的技术支撑，葛亮研究团队发现，TMED(transmembrane emp24 domain-containing (TMED) proteins)家族的TMED9蛋白作为自噬调控因子调节新型内膜ERGIC-ERES互作、TMED10介导THU (TMED10-channeled UPS) 通路在蛋白质非经典分泌途径中发挥重要功能。

北京大学分子医学研究所教授陈良怡做了“多模态跨尺度超分辨率成像方法”的报告。超分辨率荧光(SR)显微镜为许多生物过程提供了新的机理见解。然而，由于SR成像所需的光照度通常是以多个数量级的高于传统荧光显微镜，在活细胞成像过程中会产生严重的光漂白和光毒性。因此，如何实现超快SR显微成像和长时间活细胞SR显微成像的兼容是生物成像中的终极问题。为了解决上面的问题，陈良怡技术团队开发了面向细胞水平的海森活细胞结构光超分辨显微镜和双模态全景超分辨成像技术，面向在体水平的高时空分辨微型化显微镜，以及面向跨尺度水平的稀疏解卷积跨尺度超分辨方法。

陈良怡教授报告

国家蛋白质科学中心(北京)理事长兼主任贺福初院士进行了会议总结。贺福初院士深情而自豪地回顾了国家蛋白质科学中心(北京)的建设历程，生命大科学装置概念从提出到今天的实现，是几代科研工作者的不懈努力的结果。贺福初院士强调， 大科学设施一定要服务于大科学计划，新的大科学计划必将带动大科学设施的飞速发展。凤凰中心年会是大家交流的重要平台，也是大家展示丰硕成果的舞台。希望2023年，每一位凤凰同仁都能心想事成，万事胜意。