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生物计算平台对外开放服务管理办法(暂行)
2019/10/08 294

清华大学蛋白质设施实验技术中心(简称蛋白质设施)生物计算平台,共有120个计算节点,1920个处理器核,处理器采用Intel Xeon E5-2650,系统的理论浮点峰值计算性能达到30.72TFlops,存储总容量达1.5PB。另外,系统还配置2个Nvidia Tesla M2090 的GPU节点,以及500TB的磁带库。该平台是清华大学校级公共服务平台,受实验室与设备处和生命学院领导,由生物计算平台负责管理运行。

一、开放原则

高性能集群平台投入大、运行和维护费用高,为使其充分发挥效用,在对外开放服务中,将遵循以下四项原则:坚持独立运行管理、独立核算、公共服务原则,技术队伍主要承担技术服务工作以及平台本身的技术研发工作,在与科研项目开展的合作研究中只承担计算服务工作。

1、坚持广泛受益原则,为全校各学科服务。服务工作中优先保证对大规模科学计算需求强烈的用户使用,特别是冲击国际前沿水平、涉及重大基础理论研究或涉及国民经济重大应用的国家级课题。

2、坚持并不断优化收费服务机制,通过合理收费维持平台的可持续运行。对于重要的前沿探索和实质性合作研究项目以及取得重大成果的高水平课题,经用户委员会评议以及平台部审批,可申请优惠,具体方法见下面优惠和奖励部分。

3、坚持协商机制,对平台的建设发展中的重大问题和在平台上发生的利益矛盾依靠用户委员会集体讨论,向领导部门提出建议。

二、计算平台收费标准

(一) 计算节点收费标准(*计算节点收费标准和学校的“探索100”一致)

收费标准(校内) 收费标准(校外)
账号年费 1000元 / 个 / 年 1000元 / 个 / 年
共享 实际使用量 每核小时0.1元 每核小时0.2元
包年 8万元(160核) 16万元(160核)
包半年 5.4万元(160核) 10.8万元(160核)
独占 包年 13.5万元(10个节点) 27万元(10个节点)
项目收费 按照实际项目复杂度和工作量收费。

(二) 存储收费标准(暂时不对校外开放)

1、账号年费

千兆1000元/个/年 (含5TB磁盘初始容量)

万兆2000元/个/年 (含5TB磁盘初始容量)

实际接入耗材(线缆、转换器、模块、接口卡等)另计

2、磁盘收费标准

超过初始5TB容量以后按照超出的部分分段进行梯价计费:

额外使用磁盘容量 收费标准
0-20TB(含20TB) 4.0万元/年
20-40TB(含40TB) 4.4万元/年
40-60TB(含60TB) 4.84万元/年
60-80TB(含80TB) 5.32万元/年
80-100TB(含100TB) 5.86万元/年

计费梯价方法为存储容量每个档次递增收费(10%),计算规则如下:

基础5-20TB:4万元/年;

20-40TB:4*1.1=4.4万元/年;

40-60TB:4*1.1^2=4.84万元/年;

60-80TB:4*1.1^3=5.32万元/年;

80-100TB:4*1.1^4=5.86万元/年。

(所列收费仅为额外使用容量所在档次收费,总额需要累加。例如:总共使用60TB,则总额为4+4.4+4.84=13.24万元)

3、增值服务——磁盘备份收费标准

额外使用磁盘备份容量 收费标准
0-20TB(含20TB) 2.0万元/年
20-40TB(含40TB) 2.2万元/年
40-60TB(含60TB) 2.42万元/年
60-80TB(含80TB) 2.66万元/年
80-100TB(含100TB) 2.93万元/年

计费梯价方法为存储容量每个档次递增收费(10%),计算规则如下:

基础0-20TB:2万元/年;

20-40TB:2*1.1=2.2万元/年;

40-60TB:2*1.1^2=2.42万元/年;

60-80TB:2*1.1^3=2.66万元/年;

80-100TB:2*1.1^4=2.93万元/年。

(所列收费仅为额外使用容量所在档次收费,总额需要累加。例如:总共使用60TB,则总额为2+2.2+2.42=6.62万元)

4、增值服务——磁带备份收费标准

额外使用磁带备份容量 收费标准
0-20TB(含20TB) 0.8万元/年
20-40TB(含40TB) 0.88万元/年
40-60TB(含60TB) 0.97万元/年
60-80TB(含80TB) 1.07万元/年
80-100TB(含100TB) 1.17万元/年

计费梯价方法为存储容量每个档次递增收费(10%),计算规则如下:

基础0-20TB:0.8万元/年;

20-40TB:0.8*1.1=0.88万元/年;

40-60TB:0.8*1.1^2=0.97万元/年;

60-80TB:0.8*1.1^3=1.07万元/年;

80-100TB:0.8*1.1^4=1.17万元/年。

(所列收费仅为额外使用容量所在档次收费,总额需累加。例如:总共使用60TB,则总额为0.8+0.88+0.97=2.65万元)

三、管理规定

1、原则上所有任务都必须经过作业管理系统platform(简称为LSF)提交。

2、LSF设置的缺省队列如下:

队列名 最大节点数 最大作业数 最长运行时间(小时)
GPU 2 10 240
BNODE 1 12 240
GIANT 60 1 480
HUGE 50 5 480
MID 30 10 480
SMALL 20 20 240
TINY 10 50 480
NICHE 4 15 480
TEST 2 5 *

如果有新的队列设置需要,请联系平台工作人员。

3、为了方便用户使用,特设定如下特殊节点可以供普通用户登录和使用:

(1)大内存节点bnode01:拥有512G内存,供需要大内存支撑的生物学应用软件使用

(2) GPU节点gpunode: Nvidia Tesla M2090 *2

4、为了防止网络拥塞,建议有超大数据(>1TB)导入的用户请拿硬盘找管理员进行本地导入。

5、实验数据安全提醒:请用户自行保存实验数据,平台不予保存。

四、奖励与优惠办法

1、校内及其他享受平台优惠的用户有义务定期提交《用户成果报告》(一年为一期),申报项目进展及获得成果,平台将根据申报成果,给予用户500-2000个核小时的机时奖励。

2、鼓励用户随时申报在平台计算中获得的阶段性成果或发表的高水平论文,并认真撰写《高性能平台应用案例》,平台将根据获得成果及案例撰写质量奖励机时2000-3000个核小时。

3、鼓励用户在国际顶级期刊(如nature、science、cell等)发表论文。如有论文发表,平台下一年度将给予该用户50%的费用优惠(优惠额度最高不超过10万元)。

4、校内用户可参与申请“清华大学实验室开放基金”,评审通过的用户将获得学校30%的资助(每次获得的资助最高2.5万元)。

5、倍增计划:为提高高性能计算平台的应用水平,鼓励用户提交大规模计算任务,凡提交单个运算实例并发使用512个核以上的用户,平台将给予该部分作业原有资费基础上20%的优惠。

6、奖励与优惠工作每半年组织一次,由平台部批准执行。

五、成果报告

1、校内及享受平台优惠的用户有义务提交《用户成果报告》以备建档。高性能计算平台有权引用用户《用户成果报告》中的内容。

2、 校内及享受优惠用户在发布其科研成果或发表论文时,应标注“本研究工作得到清华生命学院高性能计算平台支持”(Supported
by Tsinghua Biomedical Computing Platform),并提交其成果报告或发表论文复印件。

六、上机流程

1、初次接洽

登录高性能计算平台网站或直接联系平台管理员咨询相关事宜,了解平台服务内容,资源情况,使用流程,以及收费政策。

2、程序调试

下载《用户上机申请表》,按要求填写,并把电子版本发送至管理员信箱,申请开设测试账号。用户试用过程中,管理员为用户提供技术支持,协助用户熟悉平台环境。用户上机前应仔细阅读《用户使用手册》,《用户使用承诺书》,了解用户平台使用方法和注意事项,保护用户的信息安全和保障资源的可用率,以便为所有用户提供最优质服务。用户可在试用阶段了解作业性能,决定是否正式使用高性能计算平台。

试用阶段的注意事项:

1) 试用阶段的账号在用户试用阶段结束后停止使用,试用结束前用户需对用户数据进行处理。若用户申请正式用户,则开设正式账号。

2) 用户若认为试用未能满足其要求,并决定不正式付费使用,则试用结束。

3、开设账户

用户完成试用并决定使用高性能计算平台,可直接和平台管理员联系,签订正式的使用协议,并缴纳相关费用。管理员为用户开设正式账号。

4、正式上机

用户上机过程中可随时通过PLATFORM查看作业运行和资源使用情况。根据双方协议,平台部会定期向用户发送资源使用清单,用户应及时支付机时费。上机过程中,平台提供必要的技术支持,包括上机指导、软件安装以及解决运行故障等工作。

5、结束上机

根据双方签署协议/合同规定的时间期限,用户完成预定的上机任务并确认暂无延续项目后,则进入结束上机程序,用户妥善处理各项数据后,账号将暂时封存,若用户再次申请上机并签署协议/合同,则重新启用。校内及其他享受平台优惠的用户有义务定期提交《用户成果报告》。

七、公布与实施

本《管理办法》经2013年实验室主任办公会议审议通过,自公布之日起实施。

本《管理办法》由计算平台解释,并将在实施过程中不断完善。

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