作者：汪晶晶

仪器简介

Zeiss全自动数字玻片扫描系统Axio Scan. Z1具有全自动明场、荧光和偏振光扫描等成像功能，可帮助研究人员对固定组织切片和细胞样本进行大批量、全组织、全自动的高速扫描，并可进行Z轴层扫和景深拓展计算。其“托盘”设计可实现一次性扫描100张玻片，环形光阑照明方式（Ring Aperture Contrast）可确保对荧光样本提供最大限度的保护。

本期主要介绍明场扫描profile的基本设置、保存与选用。

1. 明场（Bright field）profile基本设置

1.1 选择样品的拍摄方式（profile）

明场拍摄默认profile主要有Default_BF_10X、Default_BF_20X、Default_BF_40X，通常情况下，选择Default_BF_10X、Default_BF_20X即可。下面以Default_BF_10X拍摄方式为例进行设置说明。

关闭Axio Scan.Z1的拱门后，将出现如下界面：在左侧下拉菜单中选择“Default_BF_10X”,单击样品预览区上方的“unmark all”取消所有样品的勾选，只勾选一张需要进行参数设置的样品即可，进行后续操作。

1.2 样品预览（preview）

样品勾选完成后，点击左侧“Start Preview Scan”，扫描仪将读取样品信息。

已完成扫描预览的样品，将显示“preview done”的状态（如下图样品1）；正在扫描的样品显示“creating preview”(下图样品2)；未进行扫描预览的样品显示“new”（下图样品3）。

1.3 明场扫描设置界面

样品预览完成后，点击样品预览区中下的“Open advanced wizard”（红色方框2）进行各项参数设置。

注意：步骤1中的profile（上图左红色方框1）中以“Default”为首命名的均为已设定好的默认方案，请用户不要擅自修改！ 

1.3.1 Global data

此步骤为系统已设定好的默认参数，可直接进行下一步操作。

1.3.2 Label Scan Settings

此界面可以设置标签区域的拍摄参数。一般情况下这些参数均无需修改，为默认最佳设置参数。如需修改标签图成像方向，可在“Label Orientation”下单列表中选择旋转角度，用户可随意拉动方框边缘调整到合适的标签图像采集区域。

1.3.3 Preview Scan Settings

此界面可以设置预览相机的拍摄参数。一般情况下为系统默认的最佳设置，用户也可以根据实际情况手动调节曝光时间（Exposure time）以及样品拍摄区域（下右图红色方框）。

注意：此步修改红框的位置后，样品需重新进行预览。

1.3.4 Tissue Detection Settings

此界面中绿色方框圈选的区域代表用户的感兴趣区域（ROI），只有在ROI中的区域才会被扫描。使用“test”按钮，软件将自动圈选出被检测到的样品（绿色边界内）。

1.3.6 Scan Settings

在导航窗口（Navigation）点击玻片的干净空白处，点击界面左侧的“Measure and White Balance”调节白平衡，单击“finish”退出profile设置界面。

说明：白平衡调节一次即可，若感觉样品预览区对比度良好，可不进行此步操作。 

1.3.7 Start Scan

点击页面左侧“Start scan”按钮，开始扫描。

2. 新建profile的保存与选用

2.1 新建“profile”的保存

设置好profile后，如需要保存，请点击下图所示的“Save adapted scan profile”，在弹出的“Save As”对话框中以“PI’s name-your name-修改的默认profile”格式命名，点击“Save”。 

2.2 新建“profile”的选用

一般情况下，刚刚保存的profile会在左侧profile列表的最下方找到，要应用此profile时，“Scan Status”的状态需显示为“new”，用户也可以选中需要修改的样品，单击右键，将扫描状态切换为“Resent Scan status to new”后，在左侧调用profile。