作者：代亚丽
生物图像分析软件种类繁多，同学们采集获得一张图后是否会觉得手足无措，不知道如何分析，不知道用哪个软件分析，不知道用什么方法能更高效的完成分析呢？这里就给大家简单介绍下生物图像分析常用软件的功能吧！
一、Imaris软件
Imaris 软件是尖端的2D-5D图像渲染及交互分析软件，拥有表面结构渲染、神经分析、点计数和轨迹追踪、细胞分析板块、共定位分析、视频录制等功能。我们平台现拥有最新Imaris9.2.1版本，并配有优秀的工作站，工作站内存768G，可支持大数据的处理和分析，图像处理速度更快。
1、图像展示和重构功能
Imaris具备Slice,Section,Gallery,3D volume等观察模式；亦可进行重构，进而看清不同结构之间的位置关系，此外还可以通过重构surface结构获得特定参数的精确定量结果。
Wu D et al.Cell Research (2017) 27:1397-1400.
2、神经分析
针对神经进行树突和树突棘的专业分析，包括瘦长型、蘑菇型、短粗型及丝状伪足型树突棘类型的精确分类，以及对树突和树突棘的长度、直径等多种参数的准确测量。
Fasoli A et al. J Comp Neurol. 2017 May1;525(7):1707-1730.
3、细胞计数和轨迹追踪
根据对象运动特点，包括Brownian Motion，Autoregressive Motion，Autoregressive Motion Expert，Connected Components和Lineage，针对信号体积、表面积、强度、形状改变和轨迹运动等参数生成统计信息。
藻类轨迹运动图，轨迹上紫色→红色代表信号出现的时间先后顺序
将所有轨迹出发原点统一于同一位置，用不同的颜色标记不同的轨迹；小球的颜色，紫色→红色代表信号的时间顺序，进而更清楚的观察信号的整体运动。
4、共定位分析
Imaris软件有专业的共定位分析板块，可以采用手动设定阈值或者Costes自动计算阈值的方法进行共定位分析，并结合ROI的选取，可得到整张图像或选定区域的共定位系数。
5、细胞分析
专门的细胞分析板块可以计算得到大量数据，例如细胞内囊泡的数目，细胞内囊泡到细胞核和细胞膜的距离、细胞和细胞核的圆度等等。
6、Autoalinger 和 Voloom软件
针对二维序列图片（明场、荧光），自动或手动进行偏移校正，进而完成三维重建，以此进一步观察和展示信号结构的整体效果。
7、插件 Plugins
此外，得益于Imaris软件广泛的使用对象和相对开源的软件使用环境，有些用户会根据自己的需求设计出操作方便、有针对功能的插件，为数据分析提供了更多可以选择的方法。举例如下：
计算两种结构的相互接触面积
计算生物膜的相关参数
二、专业反卷积软件
1、Huygens 软件
惠更斯 Huygens 软件是荷兰公司 Scientific Volume Imaging (SVI) 为高端显微镜技术、学术研究而研发出的软件，它采用高级反卷积算法，针对不同类型光学显微镜系统如宽场成像、点扫描共聚焦、转盘共聚焦、多光子、受激发射损耗超分辨成像（STED）、光片照明（Lightsheet）进行针对性地去卷积处理，最终获得高分辨率和准确的图片结果。此外，它还有校正色差（Chromatic Aberration Corrector ）和串色（Crosstalk Corrector）的板块，以及计算和获得图像的PSF的功能。
上图中左面的图为原图，右方的图为反卷积后的图
在采图前，我们尤其需要注意图像的采像频率，保证像素的大小最好达到最优的状态，这样才能获得质量最佳的图像，亦方便图像的后期反卷积等进一步处理。Huygens非常人性化的为用户提供了这样的一个功能，可根据显微镜类型和基本拍摄参数计算获得相应的x、y、z轴的分辨率：
进入网址 https://svi.nl/NyquistCalculator
2、AutoQuant 软件
Media Cybernetics公司推出的AutoQuantX3反卷积软件利用先进的盲算法对2D、3D图像进行去除模糊和噪点，恢复图像细节，获得更高质量的图像。
三、Image Pro Premier
Image-Pro Premier 是一款功能非常强大的图像分析软件，包含了丰富的增强和测量工具，能够通过图像的表面信息判断拍摄物的属性、形态、类别，对不同的图形进行区域划分，然后测量各区域的面积、半径、周长和光密度等参数。亦可进行三维重构、任意剖面展示、轨迹追踪，导出可用于展示和发表的二维图像以及3D动画制作等多种操作。
下图为通过测量可以获得的参数列表：
四、其他软件
MetaMorph 软件主要针对中高阶生物领域用户，具有强大的图象获取、图像分析功能，可满足不同的硬件组配以及实验需求。
此外，还有一些方便用户在自己电脑上完成LUT调节、导出图片等简单操作的显微镜公司的viewer版本软件，例如：Nikon的NIS-Elements Viewer、Olympus的FV10-ASM-viewer、Zeiss的Zen Black/Blue、GE的Delta Vision viewer、PE的Volocity等，以及免费开源软件Image J。
好了，今天就和大家分享就到这了，谢谢！
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